Pada tanggal 14 November 2011 s.d. 19 November 2011 Pengadilan Militer III-12 Surabaya menerima kedatangan Badan Pengawas Mahkamah Agung RI dalam rangka pemeriksaan / audit. Bawas yang datang ke Pengadilan Militer III-12 Surabaya berjumlah 4 orang sesuai Surat Tugas Kepala Badan Pengawas Mahkamah Agung RI Nomor 337/BP/ST/XI/2011 tanggal 11 November 2011 yaitu terdiri dari :

1. Is Sudaryono, SH, MH, Hakim Tinggi Pengawas sebagai Ketua

2. Letkol Chk E. Trias Komara, SH, Hakim Tinggi Pengawas sebagai anggota

3. Hendra Rahmadi, S. Kom, Staf Badan Pengawas sebagai anggota

4. Virna Prasamia, SE, Staf Badan Pengawas sebagai anggota

Pemeriksaan yang dilakukan meliputi bagian perkara, keuangan, tata usaha, IT dan pengaduan.