Pengadilan Militer III-12 Surabaya bukan merupakan satuan kerja penghasil pendapatan negara, sehingga selama tahun 2010 tidak diperoleh pendapatan negara bukan pajak (PNBP) yang disetor ke kas negara. Untuk biaya perkara dan denda dikelola oleh Oditurat Militer III-11 Surabaya selaku eksekutor.